После нажатия "Контроль" и подтверждения через "ОК" в окне появившегося сообщения "N объектов удалить невозможно" всякие окна пропадают, остаётся только главное окно, которое невозможно затащить в фокус. Похоже что дочернее окно остаётся, просто невидимо.
шсправлено для 1.0.3 неотдаванием окна оконному менеджеру.