Необходимо определиться с формой расширения пакетной базы.
1) Делать cвой бранч и заменять отдельные пакеты... На первый взгляд это проще... Но тогда станвиться актуальным вопрос о синхронизации с Сизифом и автоматической персборки пакетов на бранче...

2) Расширять пакетную базу новыми пакетами. При этом все открытые пакеты сразу, или постепенно, переезжают с Сизиф и бранч, а дубликаты - живут в наших репозиториях с суфиксами в именах. Иначе придётся держать  полное зеркало сизифа из-за пары наших пакетов и  вручную разрешать вопросы с обновлением и проверять каждый дубликат при обновлении.

Некой общей точкой в подходе к репозиториям хочу выбрать вот эту страничку
http://freesource.info/wiki/AltLinux/Sisyphus/SolutionProcess
где я попытался изложить те идеи, кторые ледат в основе моих рассуждений по этому вопросу. Буду рад услышать критику (лучше конструктивную) и поправки к неточностям (а также, вероятно, к заблуждениям).

По вопросу предложенных вариантов, я склоняюсь ко второму. Я пронаблюдал за тем, как хранятся репозитории в /var/ftp/pub/ALTLinux и понял что здесь проблемы те же, что и в первом варианте. Кроме того я не понял насколько часто они обновляются. При сборке образа я собирал его ещё на старом ядре (std-def-alt6), хотя у меня за день до этого уже было новое (std-def-alt7), не собирал я его и на новом инсталяторе от ldv@, поскольку он только-только попал в Сизиф.

Я думаю, что крайне важно иметь возможность держать идентичные репозитории для полной уверенности в повторяемости результатов. То есть это также важно для нас, как и для наших пользователей.

Первый вариант мне не нравится по нескольким пунктам:
1) необходимо уметь устраивать полную пересборку репозитория на пакетах зависящих друг от друга... и держать совю копию этого хозяйства... Или же отказаться от неё в пользу работы на сизифе и нашем собственном его аналоге с последующем созданием собственных бранчей
2) необходимо держать свои зеркала и делать многогигабайтный дубль слегка переделанного сизифа, что мне кажется излишеством. Кроме того, что это дорого, оно ещё и не эффективно в силу того, что репозитории Сизифа уже есть у людей. И тянуть ещё его один клон нет никакого резона.

Реализацию второго варианта я вижу в таком виде, чтомы не трогаем оригинаьный набор пакетов из сизифа и бранчей, а расширяем их своими. Новые свободнораспространяемые пакеты мы сразу помещаем в сизиф, дополнительные же исправления держим так, что они ставятся под другими именами, но предоставляют по зависимостям исходныем имена. Например kdesbase у нас kdebase-etersoft и все го бинарные подпакеты тоже соответственно kdebase-*-etersoft. При этом каждый из них предоставляет соотвествующие имена вида:
kdebase-* = %origversion
где %origversion - либо текущая версия пакета, если мы её не меняли, либо исходный вариант, который ожидается пакетами, зависящими от данного. Конфликты пакетов одновременно предоставляющие одинаковые имена (например по библиотекам) мы будем разрешать с помощью pkgpriorities в apt. Для этого уже существует специальный набор пакетов apt-conf-* У нас будет apt-conf-etersoft.