При gitum merge на каждом коммите из upstream выполняется несколько переключений веток (git checkout patches, git checkout rebased и т.п.). Нужно посмотреть, что там делается (задача 11854) и решить, как избежать лишнего переключения (которого тяжело, потому что ветки не имеют ничего общего).