При выполнении gitum merge идёт переключение веток, это всё очень долго выполняется. Подглядев через top за процессами, я смог понять, что там то git checkout patches, то git checkout rebased и т.п. Нужен параметр --verbose для gitum, чтобы можно было видеть подробности (и уж точно — выполняемые команды)
Добавил режим verbose в аргументы скрипту gitum и реализовал метод log_verbose. Осталось распихать его по методам, в которых вызываются команды git.