1С иногда пытается удалить индексы, которые были созданы как Constraint для полей таблиц, что вызывает ошибку. Удалить такие индексы невозможно, нужно удалять Constraint. Возможно для удаления индексов придется использовать хранимую процедуру.
Для удаления индексов создана функция, проверяющая принадлежность их констрейнтам