Модальные окна 1С (например окно установки ролей пользователя в конфигураторе) скрываютсяч под родительским окном если по нему щелкнут (т.е. ведет себя как независимое окно). При этом при работе с основным окном система работать не будет так как необходимо закрыть модальное;
Исправил свой патч user32-focus-manage.c - теперь всё должно работать корректно и вроде ничего не ломается (проверил).