Можно попробовать решать простые конфликты при мерже репозитория. Для этого:
1) При мерже сохраняем список конфликтных файлов
2) пробегаем все конфликтные файлы и смотрим конфликтующие патчи
3) выбираем оттуда только наши (возможно поиск по *.@etersoft.ru)
// а если это патч уже принятый в pure?
4) Сортируем конфликтные патчи по дате
5) Откатываем (самые новые вначале)
6) Если все патчи откатились, то можно мержить снова. Конфликтов не должно
быть.
При этом рассылаем письма авторам патчей с просьбой их переделать. (Баги
переоткрывают пусть сами).
Если какие-то патчи не откатились, то скрипт уже ничего сделать не может,
отправляем письмо майнтейнеру, пускай мержит вручную.