Пока не понятно.
В классе логер при инициализации вызывается:
self.__logger.debug("-----------------------------------------------")
Сообщение в логе встречается 1 раз.

В методе debug:
self.__logger.debug(string)

И в логе появляется уже 2 раза.

Возьмём класс git_repository. Он наследуется от класса loger.
Метод debug не перегружен, следовательно класс git_repository ничего поменять не может, и ошибка именно в классе logger.

Проблема была в том, что в python нет статических переменных. Поэтому в файл писалось столько раз, сколько классов наследует от класса logger.

Переделал с использованием глобальных переменных.

Еще реализовал более удобный формат лог файлов. Теперь каждый день создаётся отдельный лог-файл. Таким образом легко смотреть логи за прошедшие дни.

Проверил. Работает.