Запись сообщений в лог осуществлятся с помощью наследования класса от класса logger. Управление репозиториями, проверка почты, получение и проверка патчей находятся вне класса. Первоначально сообщения выводились с помощью print. При запуске скрипта с помощью cron все эти сообщения рассылаются по почте. Кроме того они так и не попадают в лог. Наверное надо сделать какой-то обобщённый класс, и переместить всё в него, наследуясь от logger
Пока работа с почтой работает без багов. Думаю данная проблема не актуальна, можно обойтись и без отладки в этих классах.