Не смог найти багу. Нужно сделать в закрытой части поддержку сборки на x86_64 (как это для работает в открытой части).
Понадобилось поставить gcc-4.4-multilib, которое вытянуло нужные библиотеки (libgcc.a) Застрял на встроенных библиотеках libtom* — надо вмешиваться в их Makefile. В configure.ac сделал для gcc и winegcc поддержку сборки на x86_64.
Сделал 1.0.12-eter6. Собралось для x86_64/Ubuntu/9.10. Для сборки на Ubuntu надо удалить libusb-1.0-dev, так как в ia32-libs есть только libusb-0.1 почему-то.
Проверил Ubuntu 10.04 64bit Закрытая и открытая часть корректно ставятся и работают. $ winediag завершается успешно.