Есть некая конфигурация, в ней используется таймер (например через каждые 30сек выводить время) в WINE это 30сек растягиваются на дольше чем в Windows. Воспроизвести можно в бутылке 1c77/1c77-27 база RT12589_2
Проблема оказалась связана с хаком для SetTimer. Изменил etersoft_fixtimer в закрытой части.
Принято. WINE@Etersoft 1.0.12 eter5/eter4