Начиная с 1.0.11 команда wine имеет параметр --workdir, с помощью которого можно задать рабочий каталог в Windows-стиле. Предлагаю переделать создание ярлыков, это сделает их переносимыми между пользователями (и при административной установке).
Закрываю в связи с тем, что теперь ярлыки создаются с содержимым wine start file.lnk то есть все специфичные вещи точно указаны в lnk, и решение через wine --workdir не требуется.
