Воспроизведение: 1) Максимизировать главное окно 1с 2) Переключиться на другое X-овое окно (например консоль) 3) Переключиться на окно 1с 4) Свернуть главное окно 1с 5) Восстановить его 6) Восстановить в обычное не максимизированное состояние 7) Переключиться на другое окно X-ов В результате X-овый фокус передастся, но окно 1с останется на переднем плане. Возможно, существуют более простые варианты воспроизведения. Главное - понятно, что проблема есть и, скорее всего, связана с патчами на #3024.
Выложил патч. Проблема заключалась в том, что после снятия атома NET_WM_STATE_ABOVE в X11DRV_FocusOut происходил вызов X11DRV_ConfigureNotify, в результате чего обновлялся размер X-ового окна. Gnome, похоже, реагировал на изменение окна тем, что оставлял его на вершине стэка окон. В результате окно оставалось на переднем плане. Патч добавляет вызов X11DRV_DropWindow (т.е. сброс атома NET_WM_STATE_ABOVE) в WinAPI'шную функцию ShowWindow, если окно восстанавливалось или максимизировалось. В результате чего этот атом сбрасывается после всех изменений X-ового окна. Тестировать надо на 1с8.