При минимизировании (не сворачивании!) окна и переключении на другой рабочий стол, основное окно так же минимизируется. Если после этого максимизировать внутреннее окно, то вместе с внутренним развернется и основное...
Выложил патч. Бага возникла из-за группы патчей на #3024. Причем проблему удалось воспроизвести только на KDE. Проблема заключается в том, что X11DRV_DropWindow отрабатывал для сворачиваемого окна. В результате его работы вызывался update_net_wm_states, и терялись атомы _NET_WM_STATE_MAXIMIZED_VERT и _NET_WM_STATE_MAXIMIZED_HORZ. Когда X-ы восстанавливали свернутое окно, они не верно определяли состояние окна, т.к. проверка происходила как раз по этим атомам. Решение заключается в том, чтобы пропускать работу X11DRV_DropWindow для окон со стилем WS_MINIMIZE.