Выяснено, что установка из cab-файл просто распаковывает файлы, а потом вносит в реестр HKEY_USERS путь к ним:
[Software\\Wine\\MSHTML\\0.9.0]
"GeckoPath"="C:\\windows\\gecko\\0.9.0\\wine_gecko"

Вношу в eterhack файлы и gecko.reg. Это должно предотвратить установку при инициализации реестра.

Сделано. Будет в 1.0.10-alt7

В последнем варианте gecko.reg убран, запись в реестр внесена через wine.inf

в wine.inf.in убрали строчку:
HKCU,Software\Wine\MSHTML,"GeckoCabDosDir",,"C:\\WINDOWS\\DOWNLOADS\\"

Наши изменения оставил:
; Preinstalled Gecko path: See http://bugs.etersoft.ru/show_bug.cgi?id=2890
HKCU,Software\Wine\MSHTML\0.9.1,"GeckoPath",,"C:\\windows\\gecko\\0.9.1"

Но не уверен, что всё по-прежнему работает.

Ну мы проверим.

Проверил на 1.0.12-eter4.1/3. gecko успешно ставится при создании .wine

Все файлы в 
c:/windows/gecko/0.9.1
представляют собой символьные ссылки на соответствующие файлы из
/usr/share/wine/skel/windows/gecko/0.9.1

Бага была переоткрыта на eterhack, тестировать её на 1.0.12 бессмысленно.
Наше главное изменение -
>; Preinstalled Gecko path: See http://bugs.etersoft.ru/show_bug.cgi?id=2890
>HKCU,Software\Wine\MSHTML\0.9.1,"GeckoPath",,"C:\\windows\\gecko\\0.9.1"
проверять нужно будет не на файлы, а на то, что работает без дополнительных установок
$ wine iexplore http://mail.ru

Перевешиваю для проверки на eterhack

При установке wine-etersoft-1.3.8 выдается зависимость еще на установку wine-gecko.
В C:\\windows\\gecko\\ присутствует каталог 1.0.0, в котором находятся ссылки на gecko. 
Команда $ wine iexplore http://mail.ru запускает Gecko

Принято.
WINE@Etersoft unstable 1.3.8-alt1.2/1.3.0-alt3

> При установке wine-etersoft-1.3.8 выдается зависимость еще на установку
wine-gecko.
Это неправильно.

Закрываю, дальнейшее решение в bug 6680.