При выполнении wineboot --update (в том числе в ходе выполнения wine --update) обновление происходит 2 раза подряд.
Мне не удалось пока увидеть, но скорее всего обновление запускается перед запуском программы, а потом выполняется сама программа wineupdate --update. Принято решение отключить автоматическое обновление (сборка eter22). commit 158f74f81aec2ad344dc8a5d65b8f8775c4f5531 Author: Vitaly Lipatov <lav@etersoft.ru> Date: Wed Sep 17 17:18:27 2008 +0400 disable autoupdate by .update-timestamp (fix eterbug #2457)