При установленном XFree86 модальное окно авторизации 1С скрывается за логотипом. Таким образом авторизация невозможна. Помогает только снятие флага "Разрешить оконному менеждеру управлять окнами" в winecfg для требуемого приложения. В Xorg такой проблемы нет.
*** Bug 171 has been marked as a duplicate of this bug. ***
Нужно проверить на старой системе (на Special Linux - обязательно!)
Можно выносить окно авторизации из-под окна вручную, через панель задач. Думаю, уже не актуально, всё равно не воспроизвести.